Петр порывисто встал и сказал:
— Мне этого места не ломать, а Яворскому на нем не сидеть!
На этом разговор и закончился. Яворский опустил голову…
И вспомнились ему жалобы недовольных Петром бояр:
— Онемечился наш царь, Ваше высокопреосвященство. Древние русские обычаи признавать не желает. Бороды заставил соскоблить, иноземные кургузые кафтаны носить…
— Сынов наших по полкам да по чужим землям расписал…
Постоянно жаловались духовные лица:
— Истинное православие еретиками сокрушается… Против икон восстают, святые мощи отвергают, постов не соблюдают…
— И государь с ними заодно: права церкви ограничивает, имущество церковное изымает… Обиженный царем, Яворский начал склоняться на сторону противников реформ. В своих проповедях он стал осторожно обличать царя в посягательстве на святую веру, старину и церковное благочестие. В 1712 г. он выступил уже открыто, и бывшие на проповеди сенаторы нашли ее возмутительной, о чем и доложили Петру. Испугавшийся проповедник написал ему оправдательное письмо, и тот запретил Стефану на некоторое время говорить проповеди.
Через год Яворский возбудил дело о «московских еретиках» (дело Тверитинова). Лекарь Дмитрий Тверитинов занимался в Москве медицинской практикой, изучил латинский язык и, познакомившись с идеями протестантизма, создал собственное учение, близкое к еретическим учениям на Руси в XV-XVI вв. Тверитинов выступал против почитания святых и их мощей, против поклонения иконам и кресту, проповедовал отказ от причастия, отрицал авторитет церкви, признавая служение богу лишь посредством духовного усовершенствования и нравственного подвижничества, и приобрел не одну тысячу последователей в Москве, Серпухове и других местах. Наиболее ревностным из них был его двоюродный брат, цирюльник Фома Иванов.
Дмитрий Тверитинов, Фома Иванов и еще трое сообщников попали в застенок. В допросах их принимал участие и Стефан Яворский. Петр, хорошо знавший Библию, ознакомился с учением Тверитинова. Он удовлетворился отречением обвиняемых от еретических мнений и поручил Яворскому объявить их публичное оправдание и освобождение. Но Стефан к тому времени подготовил громадное сочинение под названием «Камень веры», направленное против еретиков, и не пожелал примириться с решением царя. Он заключил Тверитинова и его товарищей в монастыри, продолжая вести следствие. Неожиданно цирюльник Фома Иванов дал в руки митрополиту Стефану сильное оружие против вольнодумцев. Во время церковной службы, находясь в крайнем возбуждении, Фома изрубил топором образ святого Алексея и образ Богородицы. Яворский в своем донесении царю писал, что еретик Фома Иванов «потряс весь град».
Собор архиереев под председательством митрополита Стефана Яворского предал анафеме еретиков. Фома Иванов был приговорен к смертной казни. По приговору суда, Фома должен был держать над огнем правую руку с топором до тех пор, пока она не истлеет, после чего предписывалось сжечь его на костре на Красной площади.
Фома твердо выслушал приговор, спокойствие не изменило ему и тогда, когда рука его жарилась на огне. Брошенный на костер, он до последнего дыхания продолжал стоять на своем.
Через четыре года после казни Фомы Иванова Дмитрий Тверитинов и его сообщники благодаря заступничеству Петра были освобождены из мест заключения. Стефан Яворский в своем труде «Камень веры», выступая против ересей, выражал мысль о независимости церкви от всякой внешней власти, а Петр, напротив, считал, что она входит в государство как составная часть и подчинена ему.
При жизни Петра «Камень веры» не был напечатан. Для петровских дел Яворский оказался слишком консервативным, и охлаждение к нему Петра увеличивалось, а сближение Стефана с защитниками старины продолжалось.
Для успешного проведения церковной реформы Петр в 1716 г. вызвал к себе в Петербург выдающегося деятеля и писателя Феофана Прокоповича (1681 — 1736 гг.). Еще в 1711 г. Петр брал Прокоповича в Прутский поход и имел время убедиться, что взгляды Феофана, особенно на науку и церковь, отвечают духу проводимых им реформ.
В Петербурге Прокопович сблизился с прогрессивными деятелями русской науки и культуры — Я. Брюсом, В. Татищевым, А. Кантемиром — и основал литературно-философский кружок, так называемую «Ученую дружину». Феофан утверждал необходимость для России ускоренного развития производительных сил, науки и культуры. Его талант яркого публициста сослужил Петру хорошую службу для подавления церковной оппозиции, для развития наук и учебных заведений России. Прокопович не был противником веры и выступал лишь против суеверия и невежества в среде духовенства, призывая верующих к полнокровной жизни на земле. В то же время он осуждал бунт низов против власть имущих.
Такой сотрудник в делах церкви был неугоден Яворскому, и он пробовал жаловаться царю, обвиняя Феофана в еретических суждениях, но всякий раз сам попадал в обвиняемые. Яворский уже не ждал ничего доброго для себя от Петра и потому искал дружбы с его сыном царевичем Алексеем, благочестивым юношей, мечтавшим о возврате старины. Стефан стал называть его «единой надеждой старины».
Но в 1718 г. Петр назначил следствие по делу Алексея. Стефан в своей проповеди пытался оправдать его перед раздраженным отцом и дал отзыв в пользу помилования обвиняемого. Петр связывал измену Алексея с влиянием на него духовенства, и мнение Яворского не имело для него значения. Он говорил: «Когда бы не монахи… Алексей не дерзнул бы на такое зло неслыханное. Ой, бородачи, многому злу корень — старцы и попы».
Алексей был казнен. Стефан сам отпевал царевича, нес гроб его и похоронил вместе с ним свою последнюю надежду.
Петр, желая сделать Яворского неопасным, вызвал его в Петербург, где Феофан Прокопович под руководством царя разрабатывал церковную реформу. Яворский, упав перед Петром на колени, просился в отставку. Но царь хотел видеть Стефана на вершине иерархии лишенным власти, чтобы его именем и авторитетом скреплялись проводимые в жизнь реформы.
В 1721 г. Петр уничтожил патриаршество в России (восстановлено почти через 200 лет). Руководство церковными делами стал осуществлять Святейший Правительствующий синод, президентом которого царь назначил Яворского вопреки его воле. (Удивителен гений Петра I: даже противников своих реформ он умел использовать для блага государства!) Делами же синода фактически занимался Феофан Прокопович.
Для Яворского наступило время полного душевного разлада и болезней, что отразилось в его предсмертных стихах: «Что такое титулы, если не дым, ветер, тень и пузырь, который, надувшись, несется над пространным полем?» Чувствуя приближение смерти, Яворский написал трогательное стихотворение «Последнее книгам целование». Ему тяжело было расставаться с книгами – они были для него «светом, слаще меда и сота», его «богатством славою, раем любви». Рукопись своего труда «Камень веры» с дарственной надписью он завещал рязанской епархии.
Скончался Стефан Яворский 24 ноября 1722 г. в Москве, на Лубянке, на своем рязанском подворье в возрасте 64 лет.
Отпевание умершего совершалось в Москве в присутствии царя и всех членов синода. Почти через месяц, в декабре 1722 г., тело Яворского повезли в санях в Переяславль-Рязанскии. Остановились на окраине города Троицком монастыре. На другой день похоронная процессия под звон приходских церквей направилась в Рязанский кремль. Перед гробом, возложенным на плечи священников, несли святительский жезл, обвитый черным флером. За гробом шли боярские дети, тридцать человек, в черных плащах. Процессию завершали запряженные в сани цугом кони в траурном убранстве.
После литургии в соборной церкви состоялось погребение. Стефан Яворский был похоронен в Архангельском соборе Рязанского кремля.
